在藥品廠生產中有一些特殊藥品，如強致敏性、強生理活性、有毒、有害藥品，以及生產過程易燃、易爆的，對于這些特殊藥品潔凈室的設置，GMP都有明確要求。《醫藥潔規》根據GMP要求，對特殊藥品，GMP凈化車間凈化空調系統作出一系列規定。

    首先，GMP凈化車間的凈化空調系統應獨立設置，其排風口應位于其它藥品凈化空調系統進風口全年最大頻率風向的下風側，排風口應高于該建筑物屋面和凈化空調系統的進風口；

    第二，醫療制藥凈化工程對于特殊藥品的精制、干燥、包裝室及其制劑產品的分裝室，潔凈室內要保持正壓，與相鄰房間或區域之間應保持相對負壓；

    接著，醫療制藥凈化工程特殊藥品潔凈室生產區的空氣均應經高效空氣過濾器過濾后排放。排風系統的高效空氣過濾器安裝在潔凈室內的排風口處；

    最后，醫療制藥凈化工程特殊藥品潔凈室生產區應有防止空氣擴散至其它相鄰區域的措施，如設置氣壓高于生產區的正壓氣閘室。

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