無菌潔凈工程一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間，可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約4—5平方米即可，高2.5米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。門多用推拉式，便于快速啟閉。

　　無菌潔凈工程和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面1米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。

　　在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。

　　無菌潔凈工程的應用使微生物學實驗室中的無菌室變得比較不受歡迎了，但是在發酵工廠和其它微生物產業部門大型無菌室仍然非常重要。超凈臺是80年代開始問世的一種防止污染的裝置。其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。

　　通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。應該指出的是，無菌操作技術當前不僅在微生物學研究和應用上起著舉足輕重的作用，而且在許多生物技術中也被廣泛應用。

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